Generał Francis Hummel przejmuje kontrolę nad Alcatraz i wraz z oddziałem żołnierzy bierze 81 turystów jako zakładników. Grozi wystrzeleniem na San Francisco rakiet z bombami zawierającymi śmiercionośny gaz V.X. W zamian żąda ponad 100 milionów dolarów dla rodzin poległych żołnierzy. Do akcji zostają wyznaczeni agent FBI Stanley Goodspeed, specjalista od broni chemicznej, oraz John Patrick Mason, jedyny więzień, któremu udało się uciec z Alcatraz. Mason zna tajemnice fortecy, lecz nie posiada jej planów. Obaj muszą przedostać się na wyspę, pokonać żołnierzy Hummela i rozbroić bomby, zanim upłynie 40 godzin.